Personalmente, Windows y Linux, sea la versión que fuere, tienen sus ventajas y desventajas cada uno.
WINDOWS es el sistema por defecto, el monopolio respecto de las PC, osease que no hay otras opciones a escoger sin tener que padecer por la inexistencia, deficiencia o precariedad de controladores para muchos dispositivos de hardware maliciosamente desarrollados sólo para Windows. Windows es sencillo de uso y conocido por todos debido a que monopoliza el mercado. Sus aplicaciones más conocidas son carísimas y no es muy recomendable a menos que tengas buena solvencia económica o uses copias de software no autorizadas por ellos (la mal llamada "piratería"). Fuera de eso, Windows es antiecológico y nefasto por requerir cada versión nueva mínimo el doble de potencia en hardware que su predecesor inmediato anterior para que funcione decentemente, obligándote literalmente, a comprar nuevo hardware cada que sale una nueva versión del sistema operativo y a enviar esa carísima basura electrónica arrumbada en tu casa a Africa y a la India como seguna mano. El windows mínimo más estable y compatible aún sigue siendo el XP SP3. Windows 7 o 8 tiene nuevas funcionalidades, pero comparados con XP, no es tan trascendente el cambio que digamos, por lo menos para uso doméstico.
LINUX es libre, y tiene montonal de aplicaciones igual de libres disponibles. Incluso hay versiones que no necesitan muchos conocimientos para poder instalarlas y usarlas. Junto con UNIX, es el principal sistema operativo usado en grandes servidores de la red. Es muy estable y seguro, tanto así que rara vez necesita de un cortafuegos o antivirus, incluso cada nueva versión o actualización es gratuita. Lamentablemente, dada la posición predominante de Windows y el afan de lucro de las empresas, está muy limitado en cuanto a la compatibilidad con hardware, como impresoras, escaners y otros parecidos con controladores privativos o de código cerrado. Para tener un sistema linux con hardware 100% funcional, o debes conocer buen de informática y hardware, o puedes adquirir el paquete completo de software y hardware a una empresa especializada. Lamentablemente, en México no hay muchas que digamos, pues al gobierno nefasto le encanta lucrar con nosotros.