Me parece que simplemente es la forma de pensar de un hombre, en este caso Matt Groening, combinada con las ideas de explicación de otras personas, que parecen mas paranoicas que otra cosa.
Al igual que en un capitulo de South Park, donde los personajes descubren que somos solo un "Reality Show", no tiene nada que ver con la historia creada por Matt Groening y de hecho me gusta mas la mofa del capitulo de South Park. Tampoco olvides a "Horton y el mundo de los Quien" donde habla de un mundo pequeño y fragil y donde el elefante no es considerado un Dios, sino alguien que puede salvarlos (similar pero no lo mismo en todo). Hay muchas caricaturas, peliculas, series, libros que hablarían de ese tema y serían diferentes (no todos pensamos igual). Con esto, hecho abajo tu introducción acerca de que solo las personas del mundo del entretenimiento conocen la verdad incomoda, sino South Park hubiera tenido un capitulo similar en todo al de Los Simpsons o Futurama.
No se cual es la insistencia de relacionarlo con la masoneria, en verdad creen que un grupo de personas pueden tener la respuesta a todo. Por ultimo añado que lo que entendí yo de esos capitulos, tanto Futurama como los Simpsons, es que el humano jugando a ser un creador, solo puede implantar su imperfección ya que es incapaz de cuidar de algo tan fragil como la vida. Lo mejor sería preguntarle a Groening o los escritores, que intentaron decirnos, simplemente una parodia de la creación, de la imperfección o una historia donde cada quien piense lo que quiera.