Si copias el directorio...estas clonando en cierto modo....pero puede o no funcionar en la nueva maquina, esto debido a que cuando se instala un programa puede que se registren archivos ( dlls, ocx, etc) y si copias y pegas y ejecutas en una nueva maquina puede o no funcionar...si no funciona te marcara error en el archivo "X", que puede ser una dll ( tendrias que buscar la dll de la maquina de donde copiaste y pegarlo en la ruta que lo pida).
Clonar el disco duro completo, implica sacar una copia identica del disco duro, con todos los programas instalados, por lo que te garantizara funcionar en esa maquina y en otra, siempre y cuando sean iguales.