Mira hermano, lo que sucede es que cuando instalas windows, este sistema toma los datos de la bios y se configura para tal fin, tambien se enfoca en algunos datos de la board. muy sencillo, vuelve conectar el disco a tu PC de escritorio, elimina las particiones. Luego instalas el sistema pero con el disco conectado en el portatil, si el portatil no tiene unidad de CD piensa en utilizar una unidad externa, o con un cable conversor de IDE a USB utiliza la unidad de tu equipo de mesa, o descarga la version de windows booteable desde USB, pero no te funcionara hasta que no instales windows desde el propio portatil. Ademas de que te preocupas si la info ya la tienes a salvo en una unidad externa. Lo otro que debes tener en cuenta es verificar cuantas veces formateas el disco duro, si lo haces muy seguido o si lo repites una y otra vez de manera seguida, puedes dañar el disco duro.
Has lo que te comento, elimina particiones e instala con alguna de las tres opciones que te di pero con el disco conectado al portatil
suerte