Son dos conceptos diferentes, SATA se refiere a la interfaz por la cual se lleva a cabo la transferencia de informacion entre la tarjeta madre y el disco duro y NTFS se refiere al sistema de archivos que es comunmente utilizado por los sistemas operativos Windows a partir del NT.
Para que te quede claro, tu disco duro SATA lo puedes utilizar sin ningún problema formateandolo en NTFS.