el instalador de windows solo te muestra las particiones activas, las demas no porque la tabla de particiones esta dañada.
NO PUEDES MODIFICAR PARTICIONES HASTA QUE SEA REPARADA O CREES UNA NUEVA [esto es lo mismo que eliminar todo y empezar de nuevo].
dices que tenias ubuntu, usa el live-cd y abre gparted, en gparted te colocas en la unidad, [sda, sdb, sdc, depende de cual sea]
una vez con gparted busca esta opción "Crear tabla de particiones", hay muchos tipos, la que usaras es la MSDOS:
después sale una ventana como esta:
aplicas los cambios y es todo.
después de eso,
ES COMO SI TU DISCO DURO FUERA NUEVO, SIN PARTICIONES.
desde gparted o desde el instalador de windows podras hacer las particiones nuevas.
jamas eh usado hirentbootcd, pero si usas ese debe ser algo parecido.