amigo bakuno, por mala experiencia te digo esto, yo tuve un problema similar, arranque mi laptop con el cd de ubuntu, todo normal sin complicacion, y respalde 15 GB a otro disco duro, ...
Formatee mi laptop y todo bien! voy al disco duro donde guarde el respaldo de 15GB que sorpresa, estaban solamente 7.5 GB faltaba la mitad, pero lo curioso fue que indicaba el numer total de archivos y carpeptas que el original, solo que el tamaño no coincidia, pero en definitiva si faltaron muchos archivos.
Mejor arranca con live cd de windows hay muchos en la red...
no te compliques con otras cosas como ubuntu, rara vez funciona como debiera ser.