Yo le voy más al Samsung, tanto por la compatibilidad de aplicaciones, como por la posibilidad de audio en su salida óptica, que te permitiría conectar un Home Theater de hasta 7.1 canales.
Generalmente cada Blu-Ray viene con una compatibilidad optimizada a la pantalla de la marca (Una pantalla Sony se acopla excelente a BR Sony y así) también podría ser útil conforme a la pantalla, mas no es un impedimento total.
De ahí en fuera no hay mucho, como comentan es de gustos el tener tanta app ahí.
Finalmente la interfaz del Samsung es como la de sus Smart TV's, mientras que la del Sony conserva aún su estilo de interfaz como el de estar en un PS3.