Primero que nada, hay que relativizar el  relativismo. Si entiendes ese precepto descubrirás que lo que dices no  es del todo cierto. Una cosa es respetar las raíces más esenciales de  las culturas y otra muy distinta es encubrir el asesinato de personas  solo por su preferencia sexual. 
Para empezar, estás partiendo del supuesto de que la "cultura" iraquí  siempre ha sido homofóbica y asesina, y por ende, habría que  "tolerarles" tal comportamiento, y piensas que como es parte de su  "cultura" tal cosa es permisible. Y ahí es donde fallas más fuertemente.  El asesinar, mutilar y violar los derechos de las personas no es parte  de una cultura. Mucho menos podemos afirmar que entonces es permisible  porque una parte de los iraquíes están de acuerdo en ello, ¿y qué pasa  con la parte del pueblo iraquí que reprueba estas acciones? ¿y qué pasa  con los homosexuales iraquíes? ¿tienen que dejar que les sellen el ano  solo porque es la "cultura" de otros tantos? 
En ese caso, en México también deberíamos permitirlo, porque durante  años a los homosexuales se les apedreaba en las calles y aún a la fecha  se les asesina solo por el hecho de que aman a personas de su mismo  sexo. Eso no es respetar la cultura de nadie y mucho menos es un  comportamiento arraigado en todos los habitantes de Irak.
También fallas al ignorar olímpicamente al ejemplo que te di. En esa  misma región, algunos creen que apedrear mujeres adúlteras es positivo,  no solo eso, el concepto de adulterio es bastante rígido, así las  mujeres viudas que se quieren volver a enamorar ni siquiera pueden  hacerlo solo porque la "cultura" sedicta que así debe ser. Siguiendo tu  lógica, ¿debe tolerarse?
En todo caso, la "cultura" de los gringos es el racismo de quienes no  comportan las características de los blancos, ¿eso hace moralmente  aceptable la discriminación hacia los negros y latinos? No te pases.
En algunas comunidades de México, aún es aceptable que a las mujeres se  les golpee sin cesar cada que éstas hacen enojar al varón, ¿eso también  es aceptado para ti? Porque para mí no. Y no necesito ser legitimado por  una supuesta "cultura" que posibilita la discriminación y los  asesinatos.
Además, no pueden estar al mismo nivel de derechos el portar un arma  (aunque no esté de acuerdo) que el asesinar a una persona. Perdona pero  estás poniendo ejemplos bastante burdos que no están en el mismo plano  de afectación. Yo puedo portar un arma a diario, pero eso no significa  que vaya a usarla, pero puedo sellarle el ano a un homosexual y estaré  afectando la salud y la calidad de vida de esa persona, sin contar que  las probabilidades de que muera son muy altas. Así que no, no es lo  mismo.