Mira yo tuve l mismo problema y navegando un poco en la red encontre esto espero te sirva como a mi:
Hola, después de tanto renegar conseguí eliminar el virus y desocultar las carpetas q este oculta y no se las puede desocultar en forma normal, haciendo botón derecho del mouse y propiedades. Todas las carpetas que tenia me las había convertido en accesos directos .lnk, y las carpetas no aparecían.
Leyendo x ahí recordé unos comandos viejos de DOS, para cambiar los atributos de las carpetas pero de dos desde el Símbolo de Sistema, que me sirvieron para arreglar este problema…
Lo primero que hacemos es ingresar al cmd, vamos a inicio después ejecutar y tipeamos CMD y damos enter o del modo rápido presionamos la tecla Windows, sin soltarla la letra R, Tecla Windows + R y se nos abre Ejecutar en donde tipeamos CMD.
Nos ubicarnos en la unidad de nuestra memoria USB (en mi caso G, y escribir el siguiente comando.
Attrib /d /s -r -h -s *.* Attrib: Para visualizar o modificar atributos
/d: Para poder procesar carpetas
/s: Para poder procesar subcarpetas
-r: Quitar atributos de solo lectura
-h: Quitar atributos de oculto
-s: Quitar atributos de sistema
*.*: Para archivos de cualquier nombre, con cualquier extensión.
Listo ahora podemos ver las carpetas ocultas, le pasamos el antivirus y borramos los Accesos directos.