hola amigo pues la configuracion de la bios no se borra mientras tengas conectada la fuente de la computadora a la corriente sin cortes (por ejemplo si la tienes con un regulador y lo apagas se corta la corriente que va a la fuente y se borra la configuracion). Lo que yo he hecho al formatear compus viejitas es.
Cuando sale el mensaje de error de la pila del cmos le doy en configurar y pongo la unidad de cd como primaria, formateo, cuando se reinicia entro al bios y configuro la unidad de disco duto como primaria y listo. aunque siempre le hago el comentario al dueño de que la pila ya no sirve y que hay que remplazarla o en su defecto no desconectarla de la corriente, y ya si de plano es muy necio y no quiere ninguna de las dos opciones explicarle que tiene que cargar los valores por defecto cada que la prenda.
Tambien es importante que verifiques que la unidad de cd funciona correctamente, normalmente las unidades de las computadoras algo viejas ya no funcionan como deben por que o se les ensucia el laser o se les daña o no esta bien ajustado el laser (tiene una especie de tornillo a lado del laser que puedes mover y asi lo ajustas, no se si sea peligroso moverlo pero yo siempre los ajusto hasta el tope y ya con eso funcionan, y tambien limpio los lasers con alcohol y un cotonete, y tambien llegan a funcionar)
Saludos y espero haber sido de ayuda. Suerte.