.NET es el conjunto de muchos lenguajes de programacion, y en lo personal, me parece muy amigable y menos complejos de programar, y la enorme ventaja, esque Microsoft tiene un Monopolio con Windows (de 10 Computadoras 8 tienen Windows).
Sin embargo......., es importante aclarar que lo que esta avanzando de manera significativa y acelerada......, es el mundo del Software Libre, y esto es una enorme ventaja para Java, para correr tus programas de .NET Necesitas Windows o Productos de Microsoft (bueno......, menos el iPhone), y en Java........, solo necesitas la Maquina Virtual, Osease.........., puedes trabajar para cualquier celular o cualquier computadora.
Yo en lo personal te recomiendo Java, por que es mas complejo pero con mayores ventajas, si sabes programar en Java, Visual de da risa........, a lo que voy......., Si te especialisas en Java, no te costara trabajo especialisarte en .NET, y si te especialisas en .Net, te costara un poco de trabajo entrar de pronto a Java, y la verdad......., el Tiempo no perdona......, hoy eres estudiante con mas tiempo para aprender, mañana, no lo seras, no te garantiza que tengas el tiempo y la pasiencia que tienes ahorita.
Suerte