No recuerdo muy bien pero los efectos los activas en ubuntu yendo a Sistema>Preferencias>Apariencia ya que se abrió la ventana de apariencia das clic en la pestaña que dice Efectos visuales, y en dicha pestaña aparecen 4 opciones (si instalaste bien compiz en caso contrario solo tendrás 3 Ninguno, Normal y Extra) si tienes los cuatro tendrás que seleccionar Personalizado y es ahí donde personalizarás los efectos desde el cubo hasta los efectos sobre las ventanas.
Para abrir directamente la configuración del compiz te vas a Sistema>Preferencias>Advanced Desktop Effects Settings y ahí activas es donde configuras los efectos.
En caso de que no hayas instalado bien el compiz ejecuta lo siguiente en una terminal:
sudo aptitude install compizconfig-settings-manager
Saludos.