Pues podria ser eso y otras cosas como virus, poca memoria ram, un procesador de poca capacidad, el equipo es muy viejo?
Si lo que quieres saber es que el poco espacio en el disco duro hace lenta una computadora, la respuesta es si. Esto se debe a que un disco duro esta dividido en sectores y si tienes demasiada informacion en el disco este se tarda mas en leerlo para encontrar X o Y archivo que quieres abrir o un programa que quieres ejecutar.
Para descartar virus, escaneala, elimina temporales y dale un checkdisk.