Me parese muy bueno tu post, aunk hay un sin numero de softs para hacer deskmoding. Lo convencional es utilizar algun dock ( te rekomendario Xwindows dock por su belleza y Object dock por gran posibilidad de personalizacion).
Psz obvio algun estilo visual de akuerdo a tu sistema, para lo kual deberias tenar algun soft kon kual instalarlo, yo utlizo una aplikacion de tuned utilities k se llama tuneup Styler, asi los paliko kon un solo clik.
Y psz la lista seguiria y seguiria, rainmeter, avedesk, iconos, tru transparency, avepreview, quick view, y muchas mas palikaciones para kambiar el shell de windows o aspectos especificos como el orb, los botones del explorador, el blur en las ventanas.. etc etc..
Si tienes alguna duda especifica yo te puedo ayudar. Saludos.