Bueno está la instalación frugal y la full, ambas instalaciones te permiten correr puppy desde el disco duro (no desde la ram).
La frugal es la que recomiendan pero yo prefiero la full porque se me hace más fácil de completar y mantener. Sólo arranca el livecd de puppy y dale click al icono de install, escoge instalar puppy, luego instalar en un disco ide/sata interno y luego crea las particiones, cuando termines con las particiones te aparecerá la opción de elegir entre la instalación frugal y la full, si escoges la full se copiaran los archivos necesarios a la partición que elijas y por último aparecerá la opción de instalar el grub, al finalizar ya tendrás listo tu puppy en su propia partición.
Básicamente la diferencia entre la instalación frugal y la full es que con la frugal puedes hacer la instalación en particiones que ocupan otras distros o algún windows sin meterse con los archivos de esos sistemas, es como cuando guardas el pupsave del livecd en una partición existente sólo que en este caso tendrás una carpeta aparte para guardar todos tus archivos y los de puppy para poder arrancar desde disco duro y no desde RAM. El detalle con la frugal es que se me hace un poco más complicado de completar porque al final hay que hacer algo extra con el grub para que pueda arrancar puppy, además que se me hace más extraña por no ser una instalación tradicional.