Investiga la clase Process y esto:
Código:
Process p = Runtime.getRuntime().exec(command);
Como dato extra, necesitas crear dos procesos, el que corresponde al intérprete de comandos de windows (cmd) y al del proceso que has de pasarle al proceso del intérprete de comandos. Posteriormente, capturar la salida del segundo proceso.
Por ejemplo, necesitarías invocar el comando dir de la siguiente manera:
Todo ello haciendo uso de la clase Process de Java.