Primero elimina el virus, te dejo el MalwareBytes, en su versión más reciente, instalalo, ejecútalo y dale una buena limpiada a tu pc y a tus memorias infectadas.
http://www.megaupload.com/?d=IE6WF1I4
Para que veas tus archivos ocultos sigue estos pasos, son más faciles.
Si tienes windows seven, abres tu Usb y te vas a Organizar( se encuentra en la parte superior izquierda), Opciones de carpeta, Ver. Seleccionas la opcion de Archivos de carpeta y ocultos y le das en mostrar Archivos,carpetas y Unidades ocultos.
Ahi mismo ve mas abajo y desactivamos la opcion que dice= "Ocultar archivos protegidos del sistema operativo"
Ahora ya podrás ver tus carpetas ocultas, para regresarlas a la normalidad, tendrás que realizar los siguientes pasos.
Escoje una carpeta de las que estaban ocultas, dale Click derecho y propiedades. ya en propiedades te vas a la opción de personalizar, de ahi a iconos de carpeta- Cambiar icono, te van a aparecer un icono que dice xxxx en azul, carpeta y otros mas, selecciona el icono de carpeta y le das aceptar, aplicar en propiedades. Ahora le vuelves a dar click derecho a la carpeta que le hiciste la modificación y seleccionas en atributos "Solo lectura" y aceptar.
Comenta como te fue.