Primero lo primero, en que servidor estara puesto, segundo, que herramientas puedes usar, tercero, sabes como hacerlo desde un lenguaje no web?.
Desde php usas un comando llamado exec el cual te permite ejecutar cualquier programa externo, y asi controlar lo que quieras, hay varios proyectos los cuales usan este comando poderoso, ahora que si quieres en el cliente, entonces deves saber que la capa de abstraccion del java, javascript, action script, o plataforma .net solo permiten acceso a los archivos y no a nivel maquina, puedes crear un plugin para el explorer el cual te haga todo lo que requieras, pero con la limitante que el usuario tendra que instalarlo.
espero haber resuelto tus dudas.