Formatear no significa borrar todo. Cuando le das formato a un DD que ya tiene una instalación con un programa de instalación (valgame la redundancia), lo que este hace es poner todos los secotores del DD llistos para escribir de nuevo en ellos, es decir para que instales el Sistema Operativo, programas y guardes archivos, no significa que lo borre definitivamente, tanto así que despues de formatear puedes recuperar información de los sectores en los que no se ha reescrito nada aún con algún programa.
Si lo que quieres es que no se pieerda la configuración que ya tienes lo unico que puedes hacer es reparar la instalación con el CD o DVD de Windows, que lo unico que hacen es reemplazar todos los archivos y carpetas que el utiliza el SO para funcionar sin tocar tus carpetas de archivos de usuario como mis documentos, mi musica, mis imagenes y escritorio.