paso numero uno, desinfecta todas tus usb (entra con un disco live de preferencia un linux amigable ... ubuntu es buena eleccion si me lo preguntas), borra los autorun.inf.
No explicas que SO tienes, así que básicamente lo que hay que hacer es:
1. entrar en modo a prueba de fallos
2. buscar donde se esta llamando
3. eliminar las entradas, repetir paso 2
Sugiero que para defenderte proactivamente desactiva que funcione el autorun, busca en google de acuerdo a tu SO, es añadir una entrada al registro, o modificar una configuración. Si te da mucha flojera desactivarlo, entonces instala el programa autorun eater; así también, desactiva el uso de scripts vbs (igual sin info del SO lo mejor es buscar en google "desactivar scripts Windows" y añades xp, vista, 7, 8, home, profesional, etc.) ya que normalmente no se utilizan en ámbitos caseros.
esa es mi opinión, pero si quieres la solución rápida y sencilla, y te importa poco lo que tienes en el dd, (igual trabajas todo en la nube, es desperdiciable, o milagrosamente guardas respaldos de lo importante) entonces reinstala el SO formateando la unidad. En este caso y de forma preventiva desactiva el autoejecutar y también el ejecutar scripts administrativos, no es díficil, y sobre todo ... dime realmente para que sirve el autorun aparte de para transmitir virus, hacer que se ponga un iconito en el navegador o ahorrarte 4 clics (doble clic en mi pc o clic derecho explorar, o clic en inicio y explorador, etc. clic derecho en la unidad y clic en la opción de ejecutar.)