Pues mira, respeto la opinión de joemusic, pero difiero con la misma.
Windows es el OS más utilizado, esto es cierto, y se ha consolidado para que por cierta ignorancia de los usuarios, se adquiera y uno tenga que conformarse con sus prestaciones, su sin fin de vulnerabilidades, el que sus procesos consuman toda tu maquina, y demás aspectos poco agradables.
La ventaja que tiene windows, es que como ha firmado contratos con casi todos los distribuidores de computadoras, es muy raro que una PC o Laptop no tenga windows por default, lo que provoca que el mercado ya este familiarizado y se le haga sencillo operar un OS tal cual.
Linux por otro lado, tiene otras grandes ventajas, quizá no todas las aplicaciones sean compatibles, pero esto se está trabajando y cada día más aplicaciones ofrecen su compatibilidad para Linux, además de que han aparecido muchisimas aplicaciones Open-Source, que brindan la misma o hasta mejor funcionabilidad que las que operan bajo Licencia.
Además de esto Linux cuenta con distribuciones muy robustas, de hecho, los usuarios que manejan Linux, no se preocupan de los virus, ni de tener un Super Antivirus que este gestionando cada entrada o salida de la PC.
No te recomendaría adoptar tal o cual OS sólo porque yo lo digo, te recomendaría que probaras por ti mismo cual se adapta mejor a tus necesidades.
Si quieres algo de números pues, el número de usuarios de Linux va creciendo muchisimo día con día, y no es el 1% que menciona la persona de arriba, me disculpo, pero no lo es, tan solo en la distribución de Ubuntu, se tienen más de 8 millones de usuarios para uso personal, y sólo es una distribución de las muchas de Linux y el 90% de las empresas usa alguna distribución de Linux para sus servidores, eso es algo grande.
Las aplicaciones de MS, poco a poco van siendo sobrepasadas por aplicaciones que pueden correr en cualquier sistema operativo, Iexplorer por ejemplo es mucho menos usado en la actualidad, y cada vez hay más gente que usa Firefox, Opera, incluso el nuevo Google Chrome.
Su buscador Bing, es un total fracaso al enfrentarlo a Google.
Y así hay muchas aplicaciones que sustituyen la funcionalidad de las de MS.
MS Office ---> Open Office
SQL server --> MySQL
Reproductor de Windows Media ----> Aquí hay muchisisisimos.
En fin me he quedado corto con todo lo que te podría explicar, pero bueno, esta es la opinion de un Desarrollador de Software, que usa ambos OS, y que cada día tiene que adaptar sus aplicaciones a Linux debido a su gran demanda en el mercado actual.
saludos.