Depende mucho de tus necesidades: Cantidad de usuarios, servicios, tu experiencia en implementación y conocimiento de linux, etc.
Ejemplo:
Si tu experiencia es poca, tienes suficiente tiempo, tus usuarios son relativamente pocos y solo requieren internet, impresión y correo, puedes iniciar con Ubuntu Server.
En la página del Maestro Forat hay unos buenos manuales:
Saludos