Hay varias soluciones, pero depende mucho delSistema Operativo que uses, si fuera Win7 puedes aplicar un cambio para que no haga operaciones de escritura demorada, y expulsar sin siquiera pedirlo.
Lo haces en el administrador de dispositivos, lo buscas en las unidades de disco, boton derecho propiedadaes y seleccionas la pestaña directivas y pones extraccion rapida.
Casi siempre el problema es que ejecutas algun archivo de la memoria y el programa usado lo deja marcado como abierto, esto hace que no Windows no lo suelte hasta hacer un reinicio.