Está un poco confusa tu solicitud en cuanto a lo que necesitas. . . . . Un sistema?. . .una guía para crear la base de datos?. . . .una base de datos?
Obviamente la base de datos debe ir en proporción de las tablas que vayas necesitando conforme avances en tu sistema. Pero para ello, si aun no has empezado, un buen inicio será precisamente el análisis del problema:
Ejemplo:
Departamentos de la tienda: salchichonería , perecederos, limpieza y jarcería, vinos y licores, comestibles, etc.
Tipo de impuesto: Gravados, exentos, tasa 0.
Marcas, proveedores, precio de costo, descuentos, cargos, IVA, utilidad, precios de menudeo, de mayoreo, etc.
Empieza con esto. . . .y si tienes dudas, con todo gusto.
Saludos