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no te deja formatear porque tiene un virus ejecutandose. mientras esté un programa ejecutandoce desde la memoria usb. no te dejara formatearla. o en veces ni siquiera te deja expulsarla.
lo mejor que puedes es desactivar el AUTOPLAY de las unidades de disco y externas (no desactives el autoplay de la unidad cd/dvd porque luego tendras problemas)
ya que este desactivado el autoplay, usas freecomander (navegador de archivos parecido al explorador de windows, pero este te mostrara todos los archivos que contiene la raiz de tu usb) y borras el autorun.inf y los demas programas que no sean tuyos de tu memoria.

pd: si abres el autorun.inf con un bloc de notas. podras ver nombre y ubicacion de los virus. y lo mas probable es que esté infectada tu pc cuando menos asi sabras los nombres de los virus. para borrarlos.