-windows nt: fat, fat32, ntfs
-mac: hfs, hfs+
-linux: ext2, ext3, ext4, xfs, reiserfs, btrfs (en desarrollo), jfs, zfs (sistema de archivos de solaris, iniciando soporte), hfs+ (creo que solo lectura nada mas), ntfs (ya tiene soporte lectura/escritura), fat, fat32. (son los que recuerdo)

para cambiar de sistema de archivos tu usb, debes formatearla desde el sistema donde escojas el sistema de archivos. pero en windows no podras leer la mayoria de los sistemas de archivos mencionados. solo los que son nativos windows y ext2/3 (con un driver).

si solo utilizas windows, no te conviene cambiar el fat/fat32 de tu memoria usb.