Pues es sencillo, solamente tendrias que conseguir un plug USB del tipo A con las terminales para soldar, o algun cable que yo no te sirva y buscar la configuracion de los cables para ver cual es el que proporciona los 5v y GND, pero el estandar indica que siempre el cable rojo sera el de voltaje positivo y la tierra el de color verde, los demas cables no los tomes en cuenta ya que son los de datos.
O si te compras el plug para soldar solamente fijate en que pin van esos respectivos cables, que si ves de frente el conector, con la parte donde estan las terminales hacia abajo, puedes contar de derecha para la izquierda, el primer pin es el de 5v. y el y ultimo 4 pin es el de tierra, los dos de enmedio no los tomes en cuenta. Solo le soldas las terminales del ventilador y ya, si quieres puedes ponerle un led para que indique que esta encendido, pero ya es opcional o cuestion de estetica.

Sistema de ventilación para laptop

Ok, grax me parece de gran ayuda tu respuesta, es que siempre he querido hacer un sistema como ese a mi gusto, y veo que ya con esto me va a servir de gran ayuda (lo reitero XD), gracias men:metal:

En lugar de una base de madera, mejor considera una de metal, por que la madera guarda el calor mas que disiparlo, asi que mejor considera que si quires una refrigeracion eficaz, consige algo de aluminio y haz una base.
Espero que pronto termine mi base de aluminio, asi mi lap ni se va a calentar demasiado.