=) para corregir ese problema que tienes con itunes cuando instalas aplicaciones crackeadas efectivamente te los borra itunes cuando quieres sincronizar pero yo te dare una solucion muy eficaz.
Tener Intalado Cydia (Jailbreack)
Tener Instalado Installous
Te vas al icono de Installous lo ejecutas y donde dice Settings (Opciones)
lo presionas y te saldran varias opciones ahi que estan activadas.
Install automatically <--- Instala Automaticamente cuando se termina de descargar (yo lo tengo desactivado)
Delete automatically <--- Borra la Aplicaciones Bajada Automaticamente (yo lo tengo desactivado)
iTunes Sync <--- Este es el que hace que borre lo que tienes instalado lo Desactivas
LocalSharing <--- Ahhh y lo activas te dara una IP ejemplo:
http://192.168.1.99:55589/ esto sirve para entrar desde un navegador web y hacer respaldo de las APPs que descargas de Installous a la PC

o tambien puedes Subir de la PC al iPod, iPad, iPhone. yo solo lo activo cuando hago el respaldo de lo que descargo

Remove Metadata <--- Desactivado
despues presionas el Boton de
Done y listo fin del ASUNTO puedes sincronizar con iTunes sin problema Alguno.
Yo en lo Personal te recomiendo Usar:
iTools es un programa que puedes editar contactos, borrar fotos, eliminar canciones, permite hacer respaldos ademas permite extraer nuestra música, fotos, y etc.
y no se necesita instalar es un ejecutable compatible con iPOD, iPAD, iPhone
iTools for Windows (English Version)
iTools 2012 beta 0329E
Link de Descarga:
iTools