Para empezar que windows tienes, si es windows xp puedes visualiazar tus carpetas abriendo el explorador y visualizar sus menus entras en herramientas, opciones de carpetas y en ver seleccionas la opcion de mostrar todos los archivos y carpetas ocultas y mas abajo tambien desmarca la opcion de ocultar archivos protegidos del sistema operativo, ya que le asigna tambien atributo para este tipo de archivo, con esto ya visualizaras tus archivos y carpetas.
Para que cambies los atributos de tus carpetas y archivos utiliza AttributeChanger que lo puedes decargar de internet y es gratuito ademas se integra al menu contextual del explorador, seleccionas tus carpetas que quieres cambiar de atributos, clic derecho y selecionas la opcion de cambiar atributos y realizas los cambios necesarios y aplicas.
Con esto se soluciona, espero te sirva de algo