claro que aun se pueden recuperar los archivos, ya que solo esta dañado windows. usa hiren's boot, trae un windows xp live. yo lo uso para recuperar info cuando no se pude acceder a ella por problemas de windows a la respaldo en un HDD Externo o Memoria USB.

Toda información es recuperable mientras el disco duro no tenga daño físico.

como te dijo el compa de arriba, si te dedicas a reparar computadoras ya deberias saber que existen cd y windows desde usb live que no necesitan entrar al sistema operativo del disco duro pa poder arrancar y salvar tu informacion, la informacion de una computadora esta intacta hasta que no se formatee o corrompa el disco ( dañe, truene, etc)

ahora bien eso que has de haber eliminado ha de haber sido algun archivo indispensable de windows que algun virus corrompio y tu antivirus no solo elimino el virus sino el archivo entero, que antivirus usas? te recomiendo avira elimine virus pero no archivos ( a menos que realmente esten infectadisimos)

lo mejor seria rescatar tu info y formatear y volver a cargar y esta vez para que no batalles haz 2 particiones una para tus archivos y otra solamente para tu S.O. asi cuando formatees tus archivos estaran intactos y ia no necesitaras respaldar

ya me extendi un saludo