Abre un terminal y ejecuta synaptic como root, si no se abre y aparece algún error escribe exactamente lo que dice.

Sería bueno quedieras más info, pero una solución que a algunos les funciona es:

1. Abres System->Administration->Users and Groups
2. Luego haces click en root, y click en properties
3. Eliges la pestaña Advanced.
4. Cambias el directorio home/root a /root o a /, el que te funcione mejor.

Si eso no funciona nos avisas, pero procura describir mejo lo que pasa.

a mi me pasaba algo parecido pero yo lo tenia en un live usb, lo qe pasó era qe ya estaba llena la usb, borre varias cosas y todo quedó como si nada, fue algo raro