Los accesos directos no son virus, son mas bien las rutas para dirigirte al virus.
Antes que nada tienes que identificar al virus, lo puedes hacer descargándote el programa
http://technet.microsoft.com/es-pe/sysinternals/bb896653.aspx y ejecútalo como administrador luego que ya sabes la ruta del programa .exe del virus dale click secundario y luego en kill Process esto cerrara el programa abierto (pta. antes de darle kill process escribe o tómale una captura a la ruta del programa del virus), también dale kill process al Explorer (Pta si vez que se cierran todas las ventanas es normal).
Luego en el Menu del Process Explorer clic en File > Run, escribe "msconfig" (sin comillas) si tienes win xp/7 o escribe "taskmgr" si tienes Windows 8 u 8.1 y luego aceptar para ejecutarlo.
Win xp/7: En la pestaña Inicio de Windows deselecciona el programa que ejecuta al virus.
Win 8: En la parte inferior dar "Mas detalles" luego ve en la pestaña Inicio y Deshabilita el programa que ejecuta al virus.
(pta. aca también escribe o tómale una captura a la ruta del programa del virus, es probable que sea el mismo que esta ejecutado con el sistema)
Después otra vez en el Menu > File > Run > Examinar Busca el programa virus y dale clic secundario y luego en eliminar. (No lo des en Abrir ni Cancelar)
Por ultimo, en File > Run > escribe "explorer" y aceptar
Reiniciar Windows y Listo!.
Necesariamente tienes que cerrar el Explorer porque los virus se agarran de este programa de Windows para que nadie lo pueda eliminar fácilmente.
Te recomiendo instalarte el Nod32 + Malwarebytes las ultimas versiones.
Pta: en el Malwarebytes solo activa el "Protección de sistema de archivos" o te molestara con cada pagina que visites
Saludos.