Me imagino que prestas servicios profesionales y que ya estas inscrito en el régimen empresarial y profesional, ademas de que ya tienes tu Firma Electrónica (FIEL).
Te comento que ya no son recibos de honorarios ahora son Comprobante fiscal digital por Internet (CFDI).
Partiendo de que ya tienes todo listo..
Tus obligaciones en este régimen son: llevar contabilidad, expedir comprobantes, presentar declaraciones.
Al generar recibos de honorarios (CFDI) de meses atrasados el efecto es que del dinero que te pagaron el soporte es tu (CFDI),
Te comento que tus impuestos se calculan en base a flujo (lo que efectivamente cobras y pagas), es decir si llevas trabajando 4 meses me imagino que es junio, julio, agosto y septiembre. Si en el mes de junio te pagaron $11,000 de este ingreso cobraste 1,846.15 de IVA (este IVA es del SAT tentativamente) y te hicieron retención de IVA  por 1,920.00 y retenciones de ISR por 1,153.85 estas retenciones te las hace tu patrón y el las las paga a el SAT.
Ahora bien, tendrás que calcular mensualmente tus impuestos a los que estas obligado IVA e ISR.
Tomando tus ingresos como ejemplo quedaría así el primer pago provisional del mes de junio que lo debiste pagar antes del 17 de  julio.
 I.S.R FEDERACION 
    
( + ) INGRESOS                    11,538.46
( - ) EGRESOS                              0.00
  
( = ) U o P FISCAL                11,538.46
( - ) P. FISCAL EJER. ANT            0.00
  
( = ) BASE GRAVABLE          11,538.46
( _ ) LIM. INF.                          4,464.64
( = ) EXCEDENTE                    7,073.82
( x ) % S/EXEDENTE                    6.40%
( = ) IMP. MARGINAL                  452.72
( + ) CUOTA FIJA                         85.68
( = ) ISR CAUSADO                    538.40
  
( = ) PAGOS P. 0.00
  
( = ) ISR A CARGO                 538.40
  
( - ) RET. ISR                      1,153.85
  
( = ) ISR A PAGAR                     0.00 
IVA 
( - ) IVA COBRADO                           1,846.15
  
( + ) IVA ACREDITABLE                          0.00
( + ) IVA RETENIDO                          1,230.77
( + ) TOTAL IVA ACRED                    1,230.77
( = ) IVA A CARGO                               615.38
( + ) IVA PEND. ACRED.                          0.00
( = ) IVA A CARGO                               615.38 
Como puedes ver el calculo de impuestos para el mes de junio solo pagarías $615.38 mas actualizaciones y recargos. mas o menos pagarías $650.00. esto lo tienes que presentar (declarar al SAT) y pagar en el banco.
Así es que cada mes tienes que hacer tu calculo de impuestos.
Te comento que tus ingresos y egresos son acumulables, es decir que para el mes de julio tus ingresos serian de $11,538.46+$11,538.46 =$23,076.92
Espero poder ayudarte..