Es muy sencillo amigo, te aconsejo usar los pines de interrupción externa, ¿cómo?, fácil, configura dos pines de interrupción externa como entradas, a esas entradas conectas tus sensores, ¿que sensores? depende de ti, puedes usar un haz de luz, un fotoresistor, etc. y ya eso es todo en cuanto a hardware, en cuanto a software, solo programas que cuando el sensor de salida detecte una presencia el cronómetro comience a contar, y cuando el sensor de meta/llegada detecte una presencia, pare de contar, ahora para mostrar el tiempo, puedes usar led's, display, LCD, eso ya depende de ti.