Amigo, se han escrito LIBROS sobre los comandos de linux, dudo que podamos ponerte al tanto de todos y cada uno en este tema... quiza unos cuantos si, pero te recomiendo que mejor busques mas informacion en libros, por ejemplo:

Linux Pocket Guide
Essential Commands



Con un poco de esfuerzo lo podrás encontrar en pdf.

Es muy probable que no lo encuentres en español, asi que si nunca fuiste bueno en inglés te va a costar un poco mas de trabajo.

Para acceder a la terminal normalmente solo hay que presionar alt + F2 y escribo: terminal
Ese comando puede variar dependiendo de la distribucion que uses.
Checa este video:



Y hay muchos mas en youtube.


Salu2.

A mí me ha servido mucho la info que encontre ahì:
http://fedorigen.wordpress.com/yum/

/bin/ Comandos/programas binarios esenciales (cp, mv, ls, rm, etc.),
/boot/ Ficheros utilizados durante el arranque del sistema (núcleo y discos RAM)
/dev/ Dispositivos esenciales, discos duros, terminales, sonido,
video, lectores dvd/cd, etc

/etc/ Ficheros de configuración utilizados en todo el sistema y que
son específicos del ordenador

/etc/opt/ Ficheros de configuración utilizados por programas alojados dentro
de /opt/

/etc/X11/ Ficheros de configuración para el sistema X Window (Opcional)
/etc/sgml/ Ficheros de configuración para SGML (Opcional)
/etc/xml/ Ficheros de configuración para XML (Opcional)

/home/ Directorios de inicios de los usuarios (Opcional)
/lib/ Bibliotecas compartidas esenciales para los binarios de /bin/, /sbin/ y
el núcleo del sistema.

/mnt/ Sistemas de ficheros montados temporalmente.
/media/ Puntos de montaje para dispositivos de medios como unidades lectoras
de discos compactos.

/opt/ Paquetes de aplicaciones estáticas.
/proc/ Sistema de ficheros virtual que documenta sucesos y estados del
núcleo. Contiene principalmente ficheros de texto.

/root/ Directorio de inicio del usuario root (super-usuario) (Opcional)
/sbin/ Comandos/programas binarios de administración de sistema.
/tmp/ Ficheros temporales
/srv/ Datos específicos de sitio servidos por el sistema.
/usr/ Jerarquía secundaria para datos compartidos de solo lectura (Unix system
resources). Este directorio puede ser compartido por
múltiples ordenadores y no debe contener datos específicos del
ordenador que los comparte.

/usr/bin/ Comandos/programas binarios.
/usr/include/ Ficheros de inclusión estándar (cabeceras de cabecera utilizados
para desarrollo).

/usr/lib/ Bibliotecas compartidas.
/usr/share/ Datos compartidos independientes de la arquitectura del
sistema. Imágenes, ficheros de texto, etc.

/usr/src/ Códigos fuente (Opcional)
/usr/X11R6/ Sistema X Window, versión 11, lanzamiento 6 (Opcional)
/usr/local/ Jerarquía terciaria para datos compartidos de solo lectura
específicos del ordenador que los comparte.

/var/ Ficheros variables, como son logs, bases de datos, directorio raíz
de servidores HTTP y FTP, colas de correo, ficheros temporales, etc.

/var/cache/ Cache da datos de aplicaciones.
/var/crash/ Depósito de información referente a caidas del sistema (Opcional)

/var/games/ Datos variables de aplicaciones para juegos (Opcional)
/var/lib/ Información de estado variable. Algunos servidores como MySQL y
PostgreSQL almacenan sus bases de datos en directorios subordinados de éste.

/var/lock/ Ficheros de bloqueo.
/var/log/ Ficheros y directorios de registro del sistemas (logs).
/var/mail/ Buzones de correo de usuarios (Opcional)
/var/opt/ Datos variables de /opt/.
/var/spool/ Colas de datos de aplicaciones.
/var/tmp/ Ficheros temporales preservados entre reinicios.