Me suena que Pueden ser los pines para dejar uno de los dos como esclavo o concectalos con diferente bus en cada ide..... No explicas que has hecho, si realizastes cambios en el equipo.. si antes funcionaba pero apartir de que ya no... el formateo del disco para que tienes pensado hacerlo........

la voy a formatear porque el disco que tenia antes ya no servia se rompio un pin y solo tengo un conector ide en mi placa es el de color azul el cable si funciona porque ya lo probe en otra compu al igual que el disco nuevo puesto que tambien lo probe solo que no lo quiere detectar mi pc al principio me marcaba atapi incompatible ahorita si lo detecta pero solo si desconecto mi unidad de dvd y las usb tampoco las detecta

Supongo que el disco nuevo no es sata y sera que tu motherboard es algo vieja por que es raro que nada mas tenga un ide, entonces Lo que te puedo recomendar es lo siguiente a lo mejor ya lo realizastes pero ahi te va:
1 checa que el dvd o el disco duro sea slave o master, prueba cambiando uno por uno si el dvd esta en slave cambialo a master y no cambies nada en el disco duro, y pruebas y luego pruebas otras combinaciones..
2 checa haciendo cambios en el bus, el conector de enmedio en el disco duro y el conector final en el dvd. y luego pruebas al revez
3 entrar al bios y actualizarlo. deja que el bios detecte automaticamente al dvd y a disco duro

saludos