Analizando...te envio un mensaje!!!

pues si le pones como Primary Key a la columna del folio, lo hace automático al intentar insertar un folio repetido, solo asegúrate de manejar bien los errores que te de MySQL.

Ó

Haz una consulta ántes de insertar, comprobando el error...

<?php
$folio=$_POST['folio'];
$nombre_adulto=$_POST['nombre_adulto'];
$microregion=$_POST['microregion'];
$localidad=$_POST['localidad'];
$archivero=$_POST['archivero'];

$conexion=mysql_connect("localhost","root","")or die("error en la conexion");
mysql_select_db("inea",$conexion);

$query=mysql_query("Select folio from expediente where folio = $folio ")or die(mysql_error());
while ($rsEmp = mysql_fetch_assoc($query)) {
$num_folio = $rsEmp['folio'];
}

if($num_folio != $folio)
{
$consulta=mysql_query("insert into expediente(folio,nombre_adulto,microregion,localidad,archivero)values('$folio','$nombre_adulto','$microregion','$localidad','$archivero')",$conexion);
mysql_close($conexion);
}
else
{
echo "El folio ya existe vefifica con el buscador";
}
?>

ESPERO T SIRVA Y LAS GRACIAS CLARO SE VE SENCILLO PERO FUNCIONAN