A ver, a ver...una cosa es producir el código QR, y otra leerlo. Para leerlo que sepa lo hacen los celulares, con algun programa especial: http://www.codigos-qr.com/lectores-codigos-qr/

Para producir el código desde Java, es lógico, que debes de tener una base de datos, desde la cual por medio de java generas el código. Como este: http://www.qrcode.es/es/generador-qr-code/

Existen muchas funciones en la web, para generarlo...creo, la mayor parte de todas funcionan con Internet. Puedes utilizar una y embeber en Java. Suerte!

Hola!
Puedes usar la librería ZXing, encuentras el Jar en: http://code.google.com/p/zxing/

Un ejemplo sencillo de código en java usando esta librería sería algo así:
import java.io.FileInputStream;
import javax.imageio.ImageIO;

import com.google.zxing.BinaryBitmap;
import com.google.zxing.MultiFormatReader;
import com.google.zxing.Result;
import com.google.zxing.client.j2se.BufferedImageLuminanceSource;
import com.google.zxing.common.HybridBinarizer;

public class QRReader {

public static void main(String args[]){

Result result = null;
BinaryBitmap binaryBitmap;

try{

binaryBitmap = new BinaryBitmap(new HybridBinarizer(new BufferedImageLuminanceSource(ImageIO.read(new FileInputStream("/Generated_QR.PNG")))));
result = new MultiFormatReader().decode(binaryBitmap);
System.out.println("QR Code : "+result.getText());

} catch(Exception ex) {
ex.printStackTrace();
}
}
}