Para Java les recomiendo que utilicen el NetBeans, ese viene directo de la página, les dejo el link, al que le interese tenerlo y se quiera iniciar en la programación en Java, este programa es bueno. Saludos. http://netbeans.org/
Mucha razon hay mucho mejores IDEs, pero los de sistemas nos dedicamos a los sistemas que es la programaicon de sistemas xD como que no lo vemos a fondo xD
Buena lista, creo que se le puede añadir algún recurso para Smalltalk o Java, bueno Smalltalk para los que quieren explorar la programación orientada a objetos en su versión más pura, o una de las más puras al menos . Java también es de importancia, sobre todo por su alta difusión.
Netbeans, Jcreator o Eclipse - para programar en java
Visual paradigm - para hacer diagramas UML
Mysql
Mysql Workbench
Alguna distro de Linux
Tomcat - para desarrollar aplicaciones web
Kile - para editar textos de acuerdo a la forma que desees