Bueno, mejoro la explicacion (tengo OS en "english", no acentos).
Si los archivos estan danados por el virus, sera complicado que los repares. Existen programas que supuestamente corrigen esos problemas pero nunca los he utilizado y no puedo recomendarte alguno.
Te recomiendo que intentes identificar los archivos en Linux mediante el comando file. Si los reconoce correctamente es posible que tengas suerte y puedas repararlos.