La Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) atendió durante el primer semestre del año dos mil 956 quejas por presunta violación a las garantías individuales.​

En un comunicado el organismo precisó que la Secretaría de la Defensa Nacional encabezó la lista con 559 casos, seguida de la Procuraduría General de la República (PGR) con 216; el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) con 215 y la Secretaría de Seguridad Pública (SSP) federal con 104.​

La Secretaría de Educación Pública concentró 99 denuncias, la Policía Federal 90, el Instituto del Fondo Nacional de Vivienda para los Trabajadores (Infonavit) 81 e igual número para el àrgano administrativo desconcentrado Prevención y Readaptación Social de la Secretaría de Seguridad Pública.​

Durante el mismo periodo el Instituto de Seguridad y Servicios Sociales para los Trabajadores del Estado (ISSSTE) tuvo 80 denuncias y el Instituto Nacional de Migración de la Secretaría de Gobernación 73.​

Entre las quejas recibidas del 1 enero al 30 de junio de 2009 destacan 318 casos por prestar indebidamente el servicio público; 250 por detención arbitraria; 210 por faltar a la legalidad, honradez, lealtad, imparcialidad y eficacia en el desempeño de las funciones, empleos, cargos y comisiones.​

También hubo 194 casos por trato cruel, inhumano o degradante y 170 por incumplir con algunas de las formalidades para la emisión de la orden de cateo o durante su ejecución, así como para las visitas domiciliarias.​

Además, 101 denuncias fueron por retención ilegal; 96 por omitir proporcionar atención médica; 77 por apoderarse de un bien inmueble sin el consentimiento del propietario y sin existir causa justificada; 66 por dilación en el procedimiento administrativo y 56 por emplear arbitrariamente la fuerza pública.​

En 53 ocasiones el hecho violatorio fue prestar indebidamente el servicio de educación, 51 quejas fueron por incomunicación, 45 por diferir la presentación del detenido ante la autoridad competente, 44 por omitir fundar el acto de autoridad y 42 más por acciones y omisiones que transgreden los derechos de las personas privadas de su libertad.

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Por aquí leí que FeCal nunca habló de esta "guerra" en sus promesas de campaña, y es cierto; o fue un ocultamiento procáz o salió en el ejercicio de gobierno; y es triste ver que NADIE le ha dicho que no sólo es la confrontación de los militares con los narcos, los regueros de sangre un día sí y otro también, ni es sólo la errada estrategia de pelear "palmo a palmo" con los narcos en terrenos que los soldados estratégicamente no dominan, (y sus contrarios sí); no;es el desprecio que va a generar el Ejército cuando se tope con los ciudadanos en cualquier lugar, una confrontación que no existía, y es cierto que en algunos momentos de tragedia el Ejército ha sido la diferencia, y gracias a esta pantomima ridícula encabezada por un hombre con severos problemas mentales puede llegar a ser el fín de esa imágen ante muchos ciudadanos....​