Porqué dices que la JVM no es libre?

Puedes descargarla desde la página de java (JRE = JVM -salvo pequeños detalles-).

Desarrollar en Java es gratuito, los programas que desarrolles en Java depende de tí si quieres que sean o no gratuitos y no tienes que comprar una licencia de desarrollador para poder venderlos.

Ahora que si te refieres a una certificación, entonces estás equivocando términos. La certificación sí cuesta y es algo cara.

El JRE es la maquina virtual para correr software de java. Si quieres desarrollar necesitaras el JVM el cual contiene el debugger de java, los compiladores, Java APIs y asi podras crear tus propios programas.El JVM ya tiene incluida la maquina virtual. No es pequeña la diferencia.

Hasta donde he leído efectivamente si es gratis. No he encontrado una parte en donde te mencione algún costo.

Saltándome un poco del tema y hablando de una certificación, hay lugares y modos de conseguirlas en forma mas económica de lo normal. En mi caso me certifique en java por un programa de apoyo en mi escuela. Nos dieron el Curso de certificación y después nos dieron doble oportunidad de presentar el examen (por si repruebas la primera oportunidad) y pagamos en parcialidades. Obviamente yo pase el examen en la primera.

Como ya entendí como esta el tema de las certificaciones ya se que libros tengo que leer para obtener mi segunda certificacion en Web Component Certification.

Como tip hay fechas en las que baja el costo de presentar el examen, únicamente hay que ponerse listo, las ofertas que activan en EU son aplicables también en México. Lo mas "difícil" es tener la disciplina para estudiar por tu cuenta.

Si lo que quieres es desarrollar aplicaciones Web de forma básica y para aprender puedes usar la plataforma NetBeans de ORACLE. El Software es libre hasta cierto punto, pero si lo quieres utilizar de forma profesional tendrás que pagar algunas cuotas.
Lo podrás descargar desde su página oficial. Disponible para Windows, Linux y Mac OS.

Saludos.