Mira toda relacion coital sin proteccion tiene riesgo, a pesar de que tu pareja este menstruando se tiene posiblidad de embarazo... ahora por el dia del periodo es posible que se tenga poco riesgo, pero tambien tiene que ver si tu pareja es muy exacta en sus ciclos menstruales, si no pues aumenta el riesgo. Y si, el liquido preseminal contiene espermatozoides, en una baja cantidad, pero los contiene, es importante que si las molestias persisten acudan con un medico ginecologo.

Recuerda que es muy importante el uso del condon para evitar cualquier pequeño problemita, como el de tu caso.

Suerte

Si tiene 3 dias de terminar su ciclo, hay muy pocas posibilidades, menos del 1%, sobre todo porque no hubo eyaculación, de todos modos, siempre trae tus condones en la bolsa, así te previenes de cualquier cosa.
Sobre el dolor, es normal, sobre todo si tu novia empezó recientemente a tener vida sexual, no te preocupes. pero si continua el dolor, tiene salida de flujo con mal olor, que acuda al médico para descartar infección vaginal o de vías urinarias.

Que tal hermano, te dare mi opinion.
A lo que yo conosco del tema, es muy riesgoso tener relaciones sexuales sin proteccion, no importa si ella acaba de salir de su ciclo, dices que es irregular, por tanto si pueden correr riesgo.
Si nos vamos un poco a pensar, decimos.. bueno, acaba de terminar su ciclo, segun los libros tienen que pasar entre 10 a 15 dias para que un ovulo madure y pueda ser fecundado, eso es basandonos en los ciclos 'regulares', ademas los espermatozoides pueden vivir de 3 a 5 dias dentro del cuerpo de la mujer ( Nota! esto lo lei cuando tenia las mismas dudas que tu) asi que si tu chava es irregular, sumale el tiempo de vida de un esperma= todo puede pasar.
No hay algo mejor que prebenir, que mejor que usar condon, y sinceramente, en mi experiencia, nunca paso a mayores, por varias veces me paso lo mismo que a ti U_U pero mes con mes era una preocupacion enorme, ves tu futuro pasar por tus mente hasta recibir la noticia que ya menstruo U_U..... Mejor cuidence hermano!

Sin protección es muy alto el embarazo, mejor se responsable, inteligente y maduro, y vas a ppoder disfrutar una vida mas plena.