Haber si entendi....
Disco 1 (Letra C)---->con windows y con programas instalados.
Disco 2 (Letra D) Tambien tiene windows y programas instalados
Disco 3 (Letra E) Tambien con windows y programas instalados....
Arranca por default C, ahi corren tus programas y todo...pero quieres ejecutar un programa que esta instalado en el disco 2 o 3?Es lo que entiendo.
Me parece que se arma un des... sobre todo por las entradas en los registros.
O barajeamelo mas despacio mi Osarium.

Va a estar difícil por qué cómo te comenta el compañero hay referencias y dependencias en el registro y directorios de instalación de cada programa instalado.

Puedes buscar las versiones portables de los programas que quieres o bien tratar de hacerlos tú mismo.

Lo otro que puedes hacer es dejar una unidad para la instalación de los programas y ahí realizar la instalación de tus aplicaciones en cada instalacion de Windows. Debes hacer que esa unidad tenga la misma letra en cada Windows que tienes. Lo malo con esta opción es que debes instalar el programa en cada Windows que tienes .

Bueno eso es loo que yo pienso, si encuentras la solución háznoslo saber