elimina la particion/es, vuelve a crearlas.

ya intentaste con formatearlo con HDD Low Level Format Tool ? en si son 2 discos duros que tienes ?

Estimo que es hora de jubilar tu disco, intenta formatearlo solo y si aun asi pierde el formato, dicho disco ya paso a mejor vida, a mi llego a pasar algo similar, formateaba el disco e instalaba todo y aparentemente todo bien, pero en cuando reiniciaba el equipo se perdia todo el contenido, quedaba como si fuese nuevo, le compre otro disco, realice la instalacion y formato en el nuevo disco y no tuve mas problemas.

conincido con xErse2x, si no queda con el formateo a bajo nivel ahorrate para otro disco duro....suerte

cambialo a disco duro prmario y formatealo ahi con al herramienta del fabricante, de igual manera ejecutale un diagnostico y en base a este ya te puedes dar una idea