1 El programa que usas debe guardar los torrent en alguna carpeta (de seguro en la carpeta de instalacion), respalda esa carpeta y la restauras en la nueva instalacion.
cuando usaba windows, mejor instale utorrent en otra particion como portable, y cada vez que reinstalaba windows utorrent quedaba intacto junto con los torrent en espera.

2 guarda el archivo que esta descargando el programa torrent y el .torrent, ya en la nueva instalacion de windows agregas el torrent, ya que este creado, lo pausas y remplazas el archivo torrent por el que tenias que se estaba descargando, das clic derecho sobre ese archivo/descarga en el programa torrent y elige verificar datos, de esa manera lo continuara desde donde se quedo y solo da clic en play/continuar.

Incluso funciona para archivos que so fueron descargados desde torrent en un inicio (tiene que ser el mismo archivo), por ejemplo: si bajas un capítulo de una serie y queda pausado en el 50% (o cualquier %), bajas el torrent, pausas, remplazas los archivos, verificas, y continuas la descarga donde se quedo, util porque las descargas directas de ahora son tan lentas...