Pues como dices, puedes descomprimirlo y volver a comprimirlo como .jar, pero eso depende del compresor que uses.

Si usas el WinZip o el WinRAR olvidalo, necesitas el 7zip o alguno igual o mas potente.

Un archivo .jar es algo más que una simple carpeta comprimida.

Es todo un paquete de clases y archivos cuya información esta contenida dentro del META-INF. Modificar un .jar no es tan sencillo, yo utilizo NetBeans para crear programas en Java y compilarlos dentro de un paquete .jar, ignoro si hay programas para empaquetar .jar's de forma sencilla.

Si ya descomprimistes los archivos puedes volverlos a empaquetar empleando
$jar -cvf tuArchivo.jar .
[el $ el el prompt del sistema]
Para ello debes tener en el path el directorio de instalación del java
y para empaquetar debes de navegar hasta el directorio que quieres empaquetar y tipear el comando.

Para descomprimir se utiliza winrar,
si ya pudiste modificar los archivos
una opcion facil para volver a crear el jar
es tener un IDE de desarrollo en el cual
generes de nuevo el jar.

Como es esto, todos tus archivos.java
los tienes que meter a un projecto.

Eso es facil de hacer con Jcreator.
lo primero es crear un proyecto y migrar todos tus archivos.rar
ahi despues ay una opcion que tiene JCreator la cual te permite crear el jar
ya que generas el jar con jcreator
lo unico que debes de hacer es modificae el META-INF
y poner o mejor dicho mandar a jamar a la clase principal
para que se ejecute correctamente tu jar.