necesito ayuda con un programa, necesito leer un archivo ya kreado, lo guarda en memoria como tabla, el problema ahora, es que necesito leer la tabla nuevamente y acomodarla... ya q el programa anterior solo lo guardaba sin acomodar.. como logro acomodarlo?.. asta ahora solo yevo sto

import java.io.*;
import javax.swing.*;
import java.util.Scanner;


public class Tabla {

public static void Verifdatos()throws IOException{


try{
String in[][]=new String[46][3];

FileReader reader = new FileReader("destino.txt");
Scanner dato = new Scanner(reader);

FileReader r = new FileReader("ArchivodProg.txt");
Scanner dato2 = new Scanner(reader);

FileReader r2 = new FileReader("Direc.txt");
Scanner dato3 = new Scanner(reader);

String instrucciones="";
do{
if(dato.next()==dato2.next()){
if(dato.next()==dato3.next()){

for(int i=0; i<=45;i++){
for(int j=0; j<=2;j++){
instrucciones+= instrucciones + " " + in[j] +" "+ in[j]+ " " +in[j];

}
instrucciones+="\n";
}
}

}
PrintWriter out = new PrintWriter(new PrintWriter("TablaNueva.txt"));
out.println(instrucciones);
out.close();

}while(dato2.next()==null);




}
finally{
JOptionPane.showMessageDialog(null,"Datos correctamente subidos a memoria");
}

}

public static void main(String[] args)throws IOException {
try{

Verifdatos();
}
finally{

JOptionPane.showMessageDialog(null,"Proceso completado");
}
}
}