Respecto a las apps...ya revisaste si tanto el ipad como la compu están enlazadas a la misma cuenta de itunes? checa eso, asi mismo apuesto que te a de faltar una casillita por marcar ahi donde diga algo asi como "transferir compras automáticamente", checa eso...

En cuánto a lo otro, pues eso si está raro, te refieres a que al conectar el ipad, no lo puedes ubicar en "Equipo" ni ver tus fotos y eso?...y el itunes, reconoce el ipad? porque eso me hizo pensar en que a lo mejor no hay ningún tipo de comunicación entre la PC y el ipad, entonces el problema podria ser el cable...

Yo en tu lugar checaria el cable, checa si el ipad y el cable son reconocidos en otra pc o que alguien te preste su cable y pruebalo en la tuya...si no es el cable, yo le pegaria una restauración al sistema hasta a algún punto en donde el ipad si estuviese funcionando.